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2012年7月1日日曜日

研究に使えるMacアプリ+iPhoneアプリ(part.1)

つい先日友人から論文の整理の仕方について尋ねられたので、ブログにもまとめておこうと思う。
論文の整理法+最近流行りのクラウドアプリを使った仕事効率化について。

僕のパソコン、携帯電話の環境はMacBook@自宅(もうすぐMacBook Airに!)、MacBook Pro@研究室、iPhoneで完全にApple一色になってしまっているけど、背景には研究用にはじめに与えられたパソコンがMacBookだったからという事情があります。
以来、iPhoneをはじめとして携帯とパソコンを同期させて仕事の効率化をアップさせることばかり考えてきました。

最近はクラウドサービスが充実してきて、自宅と研究室で同じような仕事を効率良く行うことができ、非常にありがたく思う。
ちょっと前なら作業中のファイルをUSBに保存して持ち歩いたり、メール添付したり、Googleドキュメントに預けたり…という手間があったからです。

クラウドは一応ウェブ上にデータが保存されていることになっている(必ずしもPC上の記憶領域を使っていない訳ではない)。iPhoneからファイルにアクセスもできるので、パソコンがない時にファイルを見たいときなんかは便利です。
また自分のパソコン以外からもインターネット上でファイルにアクセスできます。
先日IBMのSEの方にクラウドのサーバーは安全ですか?と聞いたら「本当に大事なファイルは預けない方がいいかも」と言っていました。流出の危険性を考えると、論文の原稿とか事務に提出する書類なんかはクラウドには預けない方が得策かもしれませんね。

iPhone上でのそれぞれのアプリ。背景は今年の六義園の夜桜です。

○SugarSync
フォルダ単位で同期できるクラウドアプリ。無料版は5GBから。有料版は30GBで月400円程度。より容量が大きいプランもあり。
自宅と研究室のパソコンのデスクトップを完全に同じにすることだってできる。
ただ先日ブログに書いたように、同期不具合が時折発生し、やや不安定。僕の場合は復旧のメドが立たなかったのでいったん解約したという経緯もあります。>先日の記事
現在は無料版で再度トライアル中。

○Dropbox
最近誰でも使ってるみたい。指導教官とのファイルのやり取りにも導入され始めました。DropBoxフォルダにファイルを落とすだけですぐさま同期してくれる。SugarSyncに比べるとはるかに安定していて、今まで一度も不具合は起きていない。難点はDropbox内にフォルダを作らなければならない制約か。僕は有料版は使っていません。様々な方法で容量を増やすことができるらしいです。>外部ブログ
よくブログなどで取り上げられている、iPhone(またはiPad)での「Dropbox+Good Reader」の連携はすばらしく、DropBoxに入れた記事や論文を同期させ、iPhone上でPDFを快適に読むこともできる。SugarSyncのフォルダもGood Readerに同期させることができますが、容量が大きいフォルダを同期させるとiPhoneはすぐいっぱいになってしまいます。
実際にはiPhoneで論文を読むのは文字の小ささ的に難しいので、僕は論文は基本的に紙に印刷して、英語のちょっとした記事(NatureのNews & ViewsやScienceのPerspectivesなど)はGood Readerで読むようにしています。
Good Readerには辞書のルックアップ機能があるので知らない英語の意味をすぐさま調べることもできる。またハイライト機能なども充実していて、マーカーを引いたり、コメントをつけたりもできる。ただ2回同じ論文を読むことは稀なので、僕は最近はほとんど使わなくなりました。
PodcastのNatureやScienceの番組のTranscriptも同じようにiPhoneでPDF化したものを見ています。Scienceは毎週Transcriptが出るのに対し、Natureは1月くらいに一度まとめてアップされるので少し不便。最近はとても怠けていて、2月に1回くらいの更新の頻度です。

iPhoneは電車に揺られながら片手で気軽に読めるという利点はありますが、文章を読むには画面が小さすぎて不便なことが多いので、論文や英語記事、PodcastのTranscriptを読む専用にiPadを購入することも考え中です。
めちゃくちゃ軽い最近のMacBook Airを持ち歩けば事足りるという指摘もありますが、現在どうしようか検討中です。ベッドでごろ寝しながらの使用(Facetime、Youtubeなど)も魅力的。買うなら来年あたり?

○Evernote
「外付け脳」の謳い文句で知られるEvernote。文章、webサイト、音楽、位置情報、ボイスから何からまとめて記録することのできるクラウドアプリです。僕は有料版で月400円くらいのプランを使っています。月1GBまでアップできますが、そう簡単に上限の容量には達しません。
僕の主な用途は論文の整理。Endnoteも超有名な論文用のソフトウェアですが、僕はEvernoteの柔軟性と使いやすさを好んでいます。
Evernoteには普通のファイルはだいたい保存できるので、例えば論文のPDF、Suporting Online MaterialのPDF・Excelシートなどもまとめて一つのノートに保存できます。
またタグを自由自在に付けられる機能があり、例えばタグに関連するテーマを入れておくとあとで検索する時に非常に役に立ちます。ノートのタイトルを筆頭著者の名前にしておけば筆頭著者の名前でも検索ができます。例えば「Honisch et al., 2009, science」などといったような具合。
僕の研究の場合、「last deglaciation」「d11B」「Porites lutea」「carbon cycle」 「Ocean Acidification」などといったタグをありったけ付けています。他にも科学雑誌の名前や共著者に含まれている注目している研究者の名前なども。
そうしておくと、あとで「あの論文誰の書いた論文だっけな〜。内容がcarbon cycleなのは覚えてるんだけど」とか「Porites luteaを使った他の研究あったっけな〜」とか「NatureのENSOのあの論文どこだっけ〜」ってなった時にすぐに検索にかけられます。
原理上は複数のタグで検索することもできますが、検索の効率はまだイマイチです。なので、もう少し検索エンジンが改良されることを期待しています。Evernoteはアップデートが非常に頻繁にあるので、どんどん改善されていきます。

昔はPDFをフォルダ分けしてPC上に保存していましたが、結局テーマが被っていたりするとどのフォルダに入れるべきか悩むことが多くありました。しかしタグで複数のテーマを管理することで格段に整理と検索の効率がアップしました

もちろんEvernoteもiPhoneから見れるので、Good Readerで無理矢理論文を見ることもできます。が、いかんせん画面が小さいのでイマイチです。あと基本的にはファイルは一々ダウンロードしてから見ることになります。容量によっては読み込みに時間がかかります。

※追記(2012.10.1)
ダウンロードの待ち時間を省略するために「オフラインノート」という設定が存在します。ただしiPhoneの記憶容量に応じてオフラインかオンラインかを選択する必要があります。

また、Good Readerで開くとGod Readerの保存領域に一度保存されてしまうため、あとから消す手間がかかります。

EvernoteへのPDFのアップロードの仕方は割とシンプルで、印刷画面から「PDF>PDFをEvernoteに保存」とするか、予めダウンロードしておいたPDFをドラックandドロップ。昔はワンタッチでPDFを保存できる超・便利なクリップボタンがあったのですが、Safariと相性が悪く機能しなくなりました。

難点があるとすればいちいち手入力でタイトルを入れ、タグをつけなければならないということでしょうか。僕も学部生の卒論時代にかき集めた論文はまだEvernoteに整理できていませんし、時間的に無理かもしれません。400-500部とかあるわけですから。いま2年間くらいこのスタイルで論文を整理し始めましたが、それでもようやく600部くらいです。
一度に数百部の論文を整理したいのであれば、やはりRISフォーマットに対応したEndnoteなどを使った方が良いと思います。あと実際に論文を「書く」ときには引用ツールもあるこちらの方が適しているかもしれません。
Evernoteの論文整理の一例。

ここに挙げたもの以外にもGoogle DriveやMendeley、Mobile Meなど研究に役立ちそうなアプリは色々とありますが、まだ試していません。他にも「このアプリいいよ!」とか「このアプリのこうした使い方がいいよ!」とかあれば是非コメントください^^
僕もまたネットサーフィンして情報を集めたいと思っています。

アプリの使い方は生活スタイルに応じて変わっていくので、今後も変わって行く可能性が大いにあります。
追記:さっそく変更がありましたw→part.2