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2016年8月9日火曜日

Image Jでシマシマを数える・間隔を計測する

もともとはDNA分析(電気泳動によるDNAの明暗バンドの計数)のために開発されたという無料ソフトウエアImage J

Image Jを使うと写真データからシマシマの間隔を計測し、数値データにすることができる。

私自身が使ったのは貝殻の成長線解析。最近書いた論文はこちら(ちゃんと論文にもImage Jを使ったことを記載しました)。

他にも
・タービダイト(乱泥流堆積物)の間隔を計測し、地震の周期を解析する
・年縞堆積物・樹木年輪・サンゴの年輪の間隔を計測することで堆積・成長速度を計算する
などの応用が考えられる。

以下に、簡単に操作法を記しておく。
こちらのサイトではマニュアルの日本語訳などが紹介されている。



まず、写真もしくは画像を用意する。形式としてはjpegのRGBに対応したものがいい。他にもtiffやgifもいけるらしいけど、jpegが無難かと。
経験的に300MB以下にサイズを抑えておいた方がいい。あまりに大きい写真はエラーが返されてしまう。
また、写真にはスケールバーが必要。

「⌘ + o」もしくはFile > Openで写真を開く

スケールバーの部分を拡大し、スケールバーに沿って線を引く(線の色や太さはedit > optionsで変えられる)

以下のコマンドを覚えておくと操作が楽
・拡大 「+(プラス、shift + ;)」
・縮小 「-(マイナス)」
・移動 「スペースを押しながらドラッグ」


Analyze > Set Scaleと押し、希望のスケールを打ち込む。今回は、「1 mm」に設定。


あとは、調べたい間隔のところに線を引き、「m」ボタン(measurement: 計測)を押していく。
このとき、以下のように、ラベルが表示されるように設定しておくと、自分が何個間隔を計測したかがはっきりとわかって便利。
Image > Overlay > Overlay Optionsで「Show labels」にチェックを付ける。




あとは黙々と線を引き、「m」を押すことの繰り返し。
ちなみに、線は直線(straight line)だけでなく、折れ線(segmented line)やフリーハンド(free hand)などいろんなパターンを選択できる(アイコンを右クリック)。

黄色が計測した間隔


最後に計測したデータを保存する。
「Results」のウインドウをアクティブにした状態で「⌘ + s」もしくはFile > Save As...



「.xls」として保存されるように見えるが、このファイルをエクセルで開くと、実は「タブ区切りのテキストデータ」となっている。
エクセル上で好みの形式に保存し直して、終了。